肠道慢性的透壁性炎症并伴有进行性疲痕形成可导致若干并发症。肠梗阻极常见,其次是腹腔内脓肿,偶可并发急性穿孔或大量便血。肛周痪管及肛裂、脓肿可见于半数的克罗恩病患者。直肠或结肠孙膜受累者可发生恶变变。
肠外并发症有胆石症,系胆盐的肠内吸收障碍引起。可有尿路结石,可能与脂肪吸收不良使肠内草酸盐吸收过多有关。脂肪肝常见,与营养不良及毒素作用等因素有关。大多数患者可有程度不同的营养缺乏状态,包括蛋白质、热能、矿物质、维生素及微量元素等不足。克罗恩病患者,尤其是回盲瓣被切除的患者则可能发生小肠吸收不良综合征。患儿常可见到骨发育、性成熟障碍。
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