大约30 %克罗恩病病变局限于小肠。由于小肠广泛炎症性病变,小肠消化与吸收面积减少,引起吸收不良和脂肪泻。营养缺乏可与进食过少或者肠道蛋白质、营养素的丢失有关。肠道吸收不良的并发症有:低蛋白血症、低钙血症、低镁血症、凝血机制障碍和肾结石引起的高尿酸血症。广泛小肠病变患者脊柱骨折与低维生素D 血症、低钙血症和用糖皮质激素等综合作用有关。小肠受累的克罗恩病患者50 %以上有骨密度减低,控制病变及停止应用糖皮质激素可阻止骨质进一步丢失。广泛小肠病变吸收不良者可因烟酸缺乏引起糙皮病。胆盐吸收不良引起胆盐性腹泻,维生素B吸收不良导致巨细胞性贫血。克罗恩病腹泻原因较多,例如肠道炎症和溃疡、吸收不良、细菌过度生长、胆盆作用等。
克罗恩病患儿尽管可能存在生长激素分泌不足,但生长迟缓主要原因是小肠吸收障碍和营养素缺乏。广泛小肠病变可致体重减轻和畏食,在青年女性,类似于神经性畏食。微小穿孔和疾管常发生在临近狭窄的肠段,常形成炎性肿块、肠一皮肤疾或肠一血管痊。
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